U avgustu 1941. godine, u vrijeme velikog genocidnog pokolja Srba u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj, ubijeno je 826 od ukupno 1000 srpskih žitelja Prebilovaca. Među stradilima su skoro sve žene i djeca iz sela. Najviše ih je ubijeno u Šurmanačkoj jami kod Međugorja. Žrtve rata Prebilovaca do kraja rata dostigle su cifru od 850, što je 85 odsto srpskih stanovnika sela.
Prema istraživanju japanskog dnevnog lista „Asahi šimbun“, Prebilovci su među četiri najstradalnije sela u svijetu u Drugom svjetskom ratu. Za isti list genocid Hrvata nad Srbima u Drugom svjetskom ratu je jedno od obeležja globalne istorije 20. veka.
Preživjeli očevi i braća žrtava odlučili su još u toku rata da ponovo zasnivaju porodice i da sačuvaju selo. Novoj djeci davali su imena ubijenih u jami. Pedesetih i šezdestih godina 20. vijeka Titov režim je preživjelim Prebilovčanima oduzeo najvrijedniju zemlju, istoriju stradanja stavio je pod embargo, a jame pod betonske ploče ne dozvolivši sahranu stradalih. U blizini Šurmanačke i drugih jama, u župi Međugorje, iz koje potiču ubice prebilovačke djece i mnogih drugih Srba, franjevci su 24. juna 1981. godine , na četerdestu godišnjicu početka masovnih ustaških pokolja u Čapljini, proglasili da je sama Gospa (Majka Božija) „posebno izabrala“ tu župu za svoje javljanje. Srpski narod je jame otvorio 1990. godine, iz njih izvadio kosti žrtava i prenio ih u Prebilovce, gdje su položene u kriptu crkve koju je počeo da gradi.
Izvor za video ju tjub kanal Novo Videlo
U junu 1992. godine hrvatske snage, pod komandom generala zbora Janka Bobetka, miniranjem ili spaljivanjem uništile su sve kuće i druge objekte u selu, crkvu u izgradnji, sa kostima 4000 žrtava ustaškog terora eshumiranih iz 13 jama, razorile seosko groblje i opustošile sav prostor sela. Obnova manjeg broja kuća u selu počela je u jesen 1999. godine, a sa njom i povratak predratnih stanovnika. Obnovljeno je i ili iznova izgrađeno tridesetak kuća.
Vezane vijesti:
† Patrijarh Pavle – Beseda u Prebilovcima 1991.
Video zapisi vezani za stradanje u Prebilovcima, ljeta 1941.