Akademici pune tri decenije dokazuju da su se prilikom pisanja Memoranduma držali postojećeg poretka i pozicije Jugoslavije i da su samo otvarali pitanja o ravnopravnosti naroda Stvaranje „velike Srbije“ u javnom mnjenju bivših jugoslovenskih republika i Zapadne Evrope početkom devedesetih postalo je ključni deo nenapisane optužnice protiv Memoranduma SANU, akademika, pa i tek uspostavljene SR Jugoslavije. Čak i najtvrđi kritičari teksta akademika priznaju da je Memorandum formalno bio na jugoslovenskom stanovištu, ali da njegov duh čine ideje karakteristične za velikosrpske projekte. Srpski istoričari tvrde da je pojam „velika Srbija“ nastao još u Austrougarskoj, koja se posle Berlinskog kongresa obrenovićevskoj državi nametnula kao politički i ekonomski tutor. Južni sused dvoglave Carevine,

Haški tužioci postavili su jednostavnu i krajnje jednostranu tezu – Memorandum SANU idejna je platforma za „veliku Srbiju“, a želja da se ona stvori ključni je razlog raspada Jugoslavije Retko ko je bio iznenađen kada je na početku suđenja Slobodanu Miloševiću u Tribunalu za ratne zločine počinjene u bivšoj Jugoslaviji februara 2002. godine zamenik tužioca Britanac Džefri Najs čitanje optužnice započeo širokim citatima iz Memoranduma SANU. Pozivanjem tužioca Najsa na dokument koji su još 1986. godine napisali srpski akademici započeo je novi talas, ovog puta pravosudne kampanje na Akademiju i njene članove. Memorandum u Hagu je direktno doveden u vezu sa najtežom posledicom raspada Jugoslavije – građanskim ratom. Proces protiv