Haški tužioci postavili su jednostavnu i krajnje jednostranu tezu – Memorandum SANU idejna je platforma za „veliku Srbiju“, a želja da se ona stvori ključni je razlog raspada Jugoslavije Retko ko je bio iznenađen kada je na početku suđenja Slobodanu Miloševiću u Tribunalu za ratne zločine počinjene u bivšoj Jugoslaviji februara 2002. godine zamenik tužioca Britanac Džefri Najs čitanje optužnice započeo širokim citatima iz Memoranduma SANU. Pozivanjem tužioca Najsa na dokument koji su još 1986. godine napisali srpski akademici započeo je novi talas, ovog puta pravosudne kampanje na Akademiju i njene članove. Memorandum u Hagu je direktno doveden u vezu sa najtežom posledicom raspada Jugoslavije – građanskim ratom. Proces protiv

U drugom talasu kritika na Memorandum najžešća paljba je stigla iz Hrvatske. Za razliku od komunističke hajke na Akademiju, povod za novu ofanzivu bila je – odgovornost za rat Memorandum SANU nije bio na meti kritika samo komunističkog režima. Već pune tri decenije ovaj spis predmet je osude zvanične politike bivših jugoslovenskih republika, svetskog javnog i intelektualnog mnjenja, ali i domaćih liberalnih i antinacionalnih krugova. Svi oni tvrde da su akademici 1986. godine napisali srpski nacionalni program koji je Slobodanu Miloševiću poslužio kao povod i opravdanje za ratne sukobe devedesetih. Teze afirmisane u ovim krugovima postale su sastavni deo zapadnjačkog pogleda na raspad Jugoslavije, uzroke i naravno – krivicu. Ocenama,